治疗在卫生部疾病控制司制定的“非典型肺炎病例或疑似病例的推荐治疗方案和出院诊断参考标准(试行)”等防治技术方案的基础上，为进一步提高非典型肺炎的临床疗效，建议医生根据实际情况，参考使用以下中医药治疗方法，对非典型肺炎病例或疑似病例按照中医辨证论治的原则，因地制宜，分期分证，进行个体化治疗。同时还要根据病情变化，适时调整治法治则，随证加减。
早期：早期患者以热毒袭肺、湿遏热阻为病机特征。临床上分为热毒袭肺、湿热阻遏、表寒里热夹湿三种证候类型。属热毒袭肺证者，宜清热宣肺，疏表通络，可选用银翘散合麻杏石甘汤加减；属湿热阻遏证者，宜宣化湿热，透邪外达，可选用三仁汤合升降散加减，如湿重热轻，亦可选用霍朴夏苓汤；属表寒里热夹湿证者，宜解表清里，宣肺化湿，可选用麻杏石甘汤合升降散加减。
中期：中期患者以疫毒侵肺，表里热炽，湿热蕴毒，邪阻少阳，疫毒炽盛，充斥表里为病机特征。临床上分为疫毒侵肺、表里热炽，湿热蕴毒，湿热郁阻少阳，热毒炽盛四种证候类型。属疫毒侵肺、表里热炽证者，宜清热解毒、泻肺降逆，可选用清肺解毒汤；属湿热蕴毒证者，宜化湿辟秽、清热解毒，可选用甘露消毒丹加减；属湿热郁阻少阳证者，宜清泄少阳、分清湿热，可选用蒿芩清胆汤加减；属热毒炽盛证者，宜清热凉血、泻火解毒，可选用清瘟败毒加减。
极期：极期患者以热毒壅盛，邪盛正虚，气阴两伤，内闭外脱为病机特征。临床上分为痰湿瘀毒、壅阻肺络，湿热壅肺、气阴两伤，邪盛正虚、内闭喘脱三种证候类型。属痰湿瘀毒、壅阻肺络证者，宜益气解毒、化痰利湿、凉血通络，可选用活血泻肺汤；属湿热壅肺、气阴两伤证者，宜清热利湿、补气养阴，可选用益肺化浊汤；属邪盛正虚、内闭喘脱证者，宜益气固脱、通闭开窍，可选用参附汤加减。
恢复期：恢复期患者以气阴两伤，肺脾两虚，湿热瘀毒未尽为病机特征。临床上分为气阴两伤、余邪未尽，肺脾两虚两种证候类型。属气阴两伤、余邪未尽证者，宜益气养阴、化湿通络，可选用李氏清暑益气汤加减；属肺脾两虚证者，宜益气健脾，可选用参苓白术散合葛根芩连汤加减。
卫生部副部长兼国家中医药管理局局长佘靖要求充分发挥中医药的作用，多次组织中医药界知名专家研讨防治方案。北京市卫生局对中医药参与“非典”的防治给予高度重视，专门成立了首都专家诊治小组，组织名医为正在住院的患者进行了中医诊治，并取得了一定效果。
