治疗结核的第一步是诊断，即临床诊断和测试。由于病菌在组织培养时生得太慢，可能需要几个星期才能出结果，因此，如果怀疑某位病人已染上结核，通常马上着手治疗比较好。但医生必须在治疗开始之前采集病人的痰样——咳嗽出的分泌物，因为病人开始服用抗生素之后，要分离、识别出菌株就难得多了。知道特定的菌株，对选择合适的药物组合来消灭它是至关重要的。
一例肺结核若未被检查出，一年可能感染10人。因此一旦发现一个病例，必须对与此人有接触的人进行跟踪检查。
治疗的关键目标是在病菌产生抗药性之前彻底杀灭它们。估计每10万次分裂就会发生一次产生抗药性的自发变异，考虑到诊断时病人体内杆菌的巨大数量(一个巨噬细胞里的病菌就可能多达百万)，病人很容易对单一的药物产生抗药性。如果病人只服用这种药，自然选择就会保证，用不了多久，能抵抗此种药物的病菌就会占据优势，治疗以失败告终。
幸运的是，产生对抗不同抗生素的能力，所需的变异是彼此不相关的。也就是说，使病菌耐受一种药物的变异并不能使它耐受另一种。这样，天然地产生一个杆菌群落(此前未接触过抗生素)，其中包含能耐受两种或以上抗生素的菌株，这样的情况是可能性很小的。但疾病早期必须使用至少两种有效药物，当时病人体内的病菌最多，以减少抗药菌株产生的可能。
