南京市艾滋病疫情虽呈低流行态势，但疫情仍处于上升阶段，在特定人群和局部地区中感染率较高。艾滋病疫情呈现出一些新特点：
一是经性接触传播比例增大，经性接触传播占53.24%（其中，经同性性接触传播占12.95%），经静脉吸毒传播占31.65%。
二是本科以上高学历人群检出增多，其中含多名在校大学生、研究生。
三是同性恋人群集中检出。根据省疾控中心在南京对同性恋人群做的专题调查显示，该人群的阳性检出率高达5%，已超出联合国艾滋病规划署某一特定人群1%的高流行水平。
四是云、贵、川等高流行地区嫁入高淳、溧水县的外来婚进媳妇，被发现感染者增多，并造成家庭内感染。
五是出现艾滋病孕妇所生婴儿。近年来南京市共发现7例艾滋病孕妇，其中3例生产（2例失访）、3例引产、1例不详。
六是发现16个家庭共16对夫妻32例艾滋病感染者，表明艾滋病已经由高危人群向一般人群转移。
