目前，全国有30个省(自治区、直辖市)卫生厅局成立了卫生应急办公室，中国疾控中心和部分省级疾控中心成立了专门的应急处置部门。卫生部成立了国家突发公共卫生事件专家咨询委员会，组建专家库，成立了32支国家卫生应急专业队伍。由政府领导、统一指挥、属地管理、分级负责、分类处理、部门协调的突发公共卫生事件应急指挥体系和应急组织管理网络初步形成。
未来卫生应急工作的重点是：健全组织机构。在国家、省、市、县四级做到卫生应急工作有机构、有人员、有责任、有经费。强化部门间、地区间、军地间突发公共卫生事件的信息沟通和联防联控机制。修订现行卫生应急工作制度、规范、技术标准，加强监测预警能力及灾难医学、急救医学、重症医学等学科建设，培养卫生应急专业人才。学习借鉴世界先进的卫生应急理论、技术和管理模式，把我国应急反应能力提升到更高水平。
